Panagia Kilisesi Fayton Meydanı’nın sonunda yer alır. Bu kilise Rum Ortodoks Kilisesi’nin en önemli dini günlerinden olan ve her yıl 15 Ağustos’ta kutlanan Hz. Meryem’in Tanrı tarafından cennete alınmasına adanmıştır. 1735 senesinde kurulan kilise, ilk önce İsa Tepesi’nin güney yamacındaki Rum mezarlığının yanına inşa edildi. Şuandaki mevkiine 1793 yılında getirilen kilise, 1871 senesinde yenilendi. Tahtadan yapılmış oymalı İkona duvarının merkezinde, Hz. İsa ve onun iki yanında yer alan Hz. Meryem ve Vaftizci Yahya’yı bir arada resmeden bir dini resim yer almaktadır. Diğer resimler ise Aziz Paraskevi, Dimitrios, Barbara ve Nikola’ı tasvir etmektedir. İkona duvarı ayrıca kronolojik olarak sıralanmış üç dini sahne ile de süslenmiştir. Karmaşık bir şekilde oyulmuş tahta vaiz kürsüsü ya da mimber, İstanbul’da bulunan bütün Rum Ortodoks kiliseleri içerisinde en güzeli olarak görülmektedir; süslemeleri arasında, dört İncil yazarını betimleyen resimler ve açılmış kanatları üzerinde İncilleri taşıyan tahtadan oyma bir kuş figürü de yer almaktadır.
